La novela narra la vida de un joven de humilde extracción social que, por los caprichos del destino, se ve envuelto en intrigas y conspiraciones políticas en el Madrid de la época de Felipe II. La primera parte se centra en sucesos históricos reales: la conspiración del secretario del rey Antonio Pérez contra Juan de Escobedo, secretario del hermano del rey don Juan de Austria, y el plan que urde de asesinarlo. El protagonista y sus compinches –un muchacho que llegará a convertirse en su mejor amigo y una muchacha que será su esposa– tienen que ingeniárselas para no ser víctimas de los intereses encontrados de sus amos. La segunda parte prosigue con la vida del protagonista ficcional en Sevilla donde conoce a Miguel de Cervantes, quien desempeñará un importante papel en su vida, inspirándole a tomar otro camino. Múltiples aventuras y la amenaza de la peste a finales del siglo XVI obligan al protagonista y su familia a huir hacia Valladolid, convertido en sede de la corte de Felipe III, donde se desarrolla la tercera y última parte de la novela, marcada por la evolución intelectual del protagonista, su contacto con grandes figuras de la literatura de la época como Góngora y Quevedo, y descubrimientos inesperados relacionados con su origen que vuelven a poner en peligro su vida y la de sus seres queridos.