La temática de la novela se encuadra dentro de la ciencia ficción, con una parte de novela histórica, y un gran protagonismo de la música. Podría decirse que el verdadero protagonista de la obra es una extraña partitura musical, que oculta un secreto que podría suponer el hecho más relevante en la historia de la humanidad. Los acontecimientos que se relatan se mueven en torno a ella, mediante dos narraciones que discurren en paralelo, en dos épocas muy distantes en el tiempo. Por un lado, se narra la creación de la partitura por un músico salmantino en los últimos años del renacimiento, y los problemas que ello le supone. Por otra parte, se relatan los esfuerzos de un grupo de estudiosos de diversas disciplinas, por desentrañar los misterios que se ocultan entre los pentagramas de la partitura. Enarmonía es un término que se emplea para designar a dos notas musicales de distinto nombre, que dan lugar al mismo sonido. Del mismo modo, en la novela existen dos visiones enfrentadas, fe y ciencia, que tratan de encontrar sentido a unos mismos hechos por vías contrapuestas.